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分子模擬一般是指基于計算機對分子的性質(zhì)和反應(yīng)進行模擬計算的技術(shù)。分子模擬的結(jié)果可以解釋實驗現(xiàn)象、揭示微觀過程機理，也可以輔助實驗設(shè)計、預(yù)測分子的性質(zhì)。隨著計算化學理論的逐步完善及高性能計算的快速發(fā)展，分子模擬在環(huán)境計算化學和計算毒理學領(lǐng)域?qū)l(fā)揮越來越重要的作用。
化學物質(zhì)的模擬可以落在微觀尺度、介觀尺度和宏觀尺度，分子模擬方法主要在微觀尺度。常見的三種分子模擬方法包括量子力學（QM）方法、分子力學（MM）方法以及二者的耦合（QM/MM）方法。
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